ネオとベインはハンマー号の医療ベッドに横たわっています。ネオは昏睡状態ですがマトリックスとその間の世界、”モービルアベニュー”という地下鉄の駅に閉じ込められています。彼はサティという名前の女の子とその家族に会います。父は、地下鉄がメロヴィンジャンに忠実なプログラムであるトレインマンによって駅が制御されていることをネオに伝えます。ネオが家族と一緒に電車に乗り込もうとすると、トレインマンは彼を乗車拒否し、立ち去ります。
セラフは預言者に代わってモーフィアスとトリニティに連絡し、預言者はネオの監禁を知らせます。セラフ、モーフィアス、トリニティはマトリックスのクラブに入り、そこでメロヴィンジャンと対峙し、ネオを解放するように懇願します。マシンシティのビジョンに悩まされているネオは預言者を訪れ、スミスがマトリックスと現実世界の両方を破壊しようとしていることを明らかにします。彼女は彼に「始まりがあるものにはすべて終わりがある」と言います。ネオが去った後、スミスのクローン達が預言者の元に現れ、サティとセラフを同化します。預言者は同化に抵抗せず、スミスは彼女の予知力を得ます。
現実の世界では、ネブカドネザルとハンマーの乗組員がナイオビの船、ロゴス号を見つけて起動します。彼らは目覚めたベインを尋問します。ベインは以前の記憶がないと言います。皆がザイオンの防衛について話し合いをしている時、ネオは船にマシーンシティへ行く事を要求します。預言者の予言を信じているナイオビは、彼にロゴス号を提供します。ネオはトリニティを伴ってマシーンシティに出発します。ロゴスに隠れていたベインは、トリニティを人質に取り、ネオは、ベインがスミスに同化されたことに気づき、戦いが続きます。ベインはネオの目を電源ケーブルで燃やし、ネオは失明します。 ネオは、実世界でマシンのソースコードを「見る」ことができることを発見し、実際には目が見えないながらもベイン（スミス）を殺します。トリニティは目が見えないネオに変わってロゴス号を操縦します。
ナイオビとモ―フィアスは、ザイオンに残った人々を助けるためにハンマー号でザイオンに向かいます。ザイオンの造船所はセンチネルの大群に圧倒され、致命傷を負ったミフネ大尉はキッドにザイオンの門を開くように指示します。ハンマー号が到着すると、EMPを放出し、センチネルだけでなく、ザイオンの残りの武器も無効化されます。
ロゴス号は、マシーンシティのセンチネルよって攻撃されます。猛攻撃を避けるために、いったん雲の上に出ます。そして軌道を戻すも建物に衝突し、トリニティに鉄の棒が刺さり致命傷を負わせました。ネオはマシンシティに入り、人の顔の形をした機械のリーダーに遭遇します。ネオは、スミスがマトリックスと現実世界の両方を征服することを計画していることを警告し、ザイオンとの平和と引き換えにスミスを止めることを提案します。機械のリーダーは同意し、センチネルはシャットダウンし、ザイオンへの攻撃を止めました。
機械はネオをマトリックスに接続します。マトリックスは現在スミスによって完全に同化されています。預言者の力を持ったスミスは一歩踏み出し、ネオに対する勝利を預言したことを告げます。多数のクローンスミスが見守る中で２人は戦います。ネオは最後、敗北を認めているように見え、スミスはネオを同化します。マトリックスの外側で、機械がエネルギーのサージをネオの体に送ります。すると、マトリックスの内側ではスミスのクローン達が内部から破壊されていきます。預言者はそこに残ります。センチネルはザイオンから撤退し、モーフィアスとナイオビは抱擁し、ネオの体は機械によって運ばれます。
マトリックスが再起動され、アーキテクトは公園で預言者と出会います。彼らは、平和が可能な限り続くこと、そしてそれを望む人間がマトリックスを去ることに同意します。オラクルは、サティに、再びネオに会うと思っていると伝えます。セラフは預言者に、これが起こることを知っていたのかと尋ねます。彼女は知らなかったと答え、だが信じていたと答えます。
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