ネオはトリニティがビルから落ちる夢を見て目を覚まします。ネオとトリニティは今は恋人関係にあります。モーフィアスは、ロゴスのキャプテン・ナイオビから、緊急メッセージを受け取ります。センチネルの大群がザイオンに向かってトンネルを掘っており、72時間以内に到着します。ロック司令官は、猛攻撃に備えるためにすべての船にザイオンに戻るように命令しますが、モーフィアスは1隻の船にオラクルに残るように要求します。ベインがスミスに遭遇します。スミスはベインを吸収し、コピーを作ると、電話回線を使用してマトリックスから現実の世界に移動します。
ネオはマトリックスに入り、預言者のボディーガードのセラフと出会います。セラフは彼を預言者の元に案内します。預言者がマトリックスの一部であることに気付いた後、ネオはどうやって彼女を信頼できるかを尋ねます。彼女はこれが彼の決定だと答えます。預言者は、キーメーカーの助けを借りてマトリックスのソースに到達するようにネオに指示します。預言者が出発すると、スミスが現れます。スミスは自分の中で何かが起こったとネオに伝えます。スミスのクローンが増えていき、スミスの大群とネオは戦いますが、キリがないので空を飛んでいったん引きます。
ネオ、モーフィアス、トリニティがキーメーカーを捕らえているメロヴィンジャンを訪ねます。メロヴィジャンは、キーメーカーを手放すことを拒否します。 メロヴィジャンの妻は、夫の不貞の復讐をのため、3人をキーメーカーに導きます。モーフィアス、トリニティ、キーメーカーは逃げますが、ネオはメロヴィンジャンの子分を迎え撃ちます。モーフィアスとトリニティは、数人のエージェントとメロヴィンジャンの子分の双子に追われて、キーメーカーと一緒に脱出しようとします。長い追跡の後、トリニティは脱出し、モーフィアスは双子を打ち負かし、ネオはモーフィアスとキーメーカーをエージェントから救います。
ネブカドネザル号、ビジラント号、ロゴス号の乗組員は、ネオとキーメーカーがソースに到達するのを支援します。 ロゴスの乗組員が発電所を破壊し、ビジラントの乗組員はバックアップ電源を無効にして、ネオがソースへの扉を開くことができるように協力します。トリニティの死のビジョンに悩まされているネオは、ネブカドネザルに留まるように彼女に頼みます。
ロゴス号の皆は成功しますが、ビジラント号の乗組員はが死亡し、計画は失敗します。トリニティは仕方なくマトリックスに入り、ビジラント号乗組員らに代わって、任務を遂行します。しかし、エージェント・トンプソンが彼女を追い詰め、トリニティは戦います。ネオ、モーフィアス、キーメーカーがソースに到達しようとすると、スミスは彼らを待ち伏せします。キーメーカーはソースへのドアのロックを解除しますが、スミスが放った弾丸が命中し、ドアが閉じるとキーメーカーが死亡します。
ネオは、マトリックスの作者であるアーキテクトと呼ばれるプログラムに出会います。このプログラムは、ネオ自身がマトリックスの設計の意図的な部分であり、今のマトリックスは6回目だと言います。 以前の5つのものと同様に、ネオに選択させます。右のドアを開けるとソースに戻り、皆が救われる。左のドアを選ぶとマトリックスにつながり人類は滅びる。ネオは左のドアを選びます。
トリニティとエージェントがビルから落ちたとき、トリニティは撃たれます。彼女が地面に落ちる前に、ネオは猛スピードで飛んできて彼女を空中で間一髪受け止めます。それからネオはトリニティの体から弾丸を取り除きます。その後、心停止しますがネオは彼女の心臓に手を伸ばし、彼女を復活させます。彼らは現実の世界に戻り、そこでセンチネルが彼らを攻撃します。ネブカドネザルは破壊されますが、乗組員達は逃げ出します。 さらにセンチネルが追ってきますがネオが手のひらをかざすとセンチネルは破壊されます。それからネオは昏睡状態に落ち、現実の世界で虐殺がありましたが一人だけ生き残りがいました。それは”ベイン”でした。
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